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BACTERIE ET HOPITAL

Une évolution main dans la main.

Pourquoi attrape t-on des infections à l'hôpital ?
Ce n'est pas parce que le personnel soignant est sale et négligeant! !
Non, bien qu'avec la puissance qu'ont donné les antibiotiques et les moyens d'asepsie durant la deuxième partie du XX siècle, les contraignantes mesures d'hygiènes se soient peut être relâchées à l'hôpital et au domicile du patient (où Il n'est plus, que très rarement, proposé au médecin de se laver les mains après la consultation…) 
C'est, surtout, le génie adaptatif des bactéries qui est en cause. Ce sont des championnes toute catégories de la survie dans des milieux toxiques et changeants. Elles sont peut être bien les seuls êtres vivants dont la diversité s'accroît et cela par l'action humaine.
Leur premier atout est sans doute leur rapidité de reproduction, aux environs d'une heure !! Donc le temps des actions humaines - plusieurs années - représente un très grand nombre de génération des bactéries ce qui leur laisse amplement le temps de se transformer ! et elles aiment ça transformer leur métabolisme pour digérer tous les poisons, s'habituer à toutes les températures, à l'extrême sécheresse ou à l'humidité permanente, et même à des produits créés de toutes pièces par l'homme ! 
Comment font elles ? Elles ont plusieurs techniques. La plus fréquente est d'emprunter des gènes , le plus souvent à d'autres micros organismes mais aussi parfois à des végétaux, pour les mélanger à leurs propre génome. Parfois aussi des mutations - modifications aléatoires - vont survenir dans leur ADN, et elles seront conservées si elles leur permettent de s'adapter au nouveau milieu. 
Enfin une autre situation paradoxalement favorise leur multiplication et diversification : c'est leur disparition complète ! On l'appel le phénomène de " la niche vide " , ce peut être un espace totalement aseptisée qui va redevenir une niche écologique pour de nouvelles bactéries, ou l'introduction d'un produit qu'aucune bactérie ne sait encore métaboliser. Dans les deux cas la place est libre. Un micro organisme entrant accidentellement dans cet espace n'y trouvera pas de compétiteurs et va s'y développer d'autant mieux qu 'elle aura déjà un potentiel génétique varié et sera capable de muter rapidement 

Résultat :
A l'hôpital elles s'en donnent à cœur joie, le prenant pour un vaste espace de troc des gènes. La pression de sélection par les désinfectants et antibiotiques multiples stimule les adaptations .
Il n'est pas qu'à l'hôpital que le problème se pose , mais aussi dans les cuisines industrielles. Les mêmes mécanismes y sont en jeu. 

Quelles questions ces phénomènes posent ils ? 
Tout d'abord les mécanismes physiologiques sont imparfaitement connus. En particulier le phénomène de la niche vide. On sait que des bactéries lorsqu'elles sont en compétition dans une niche écologique pour une source d'alimentation, soit diversifient leur approvisionnement et peuplent le pourtour de la niche, soit elles se limitent et se spécialisent, partageant les ressources jusque là communes.
On peut aussi se poser la question de savoir si la victoire totale est possible comme on l'a pensé jusque là. Il semble bien que ça ne soit pas la bonne stratégie. Dans les cuisines industrielles la politique du tout aseptique est passé de mode. Le procédé actuel consiste à Jouer sur les équilibres, à favoriser le développement de bactéries inoffensives pour occuper le terrain. Ce qui suppose d'étudier les interrelations de micro organismes, savoir ne pas favoriser les mutations. 
On croirait entendre énoncer les principes de l'agriculture biologique. (cf. Chichois 4) En effet les méthodes d'agriculture bio cherche l'optimum et non le maximum, elles choisissent de négocier le partage de la récolte avec les " nuisibles ", tiennent compte des inter- relations des plantes entre elles et de celles ci avec les micro organismes, des bactéries et champignons, moisissures et virus entre eux.
Ce qu'on connaît et tout ce qu'on ignore des mœurs des micro organismes quant à leur reproductions et modifications de leurs génomes au contact d'autres organismes ( végétaux, animaux autres micro organismes) donne froid dans le dos quant au développement intempestif des OGM. Qui eux aussi vont échanger des morceaux de génome avec leur entourage, les autres vivants et aussi donner lieu à des phénomènes de concurrence, de sélection, dont nous ne pouvons connaître les résultats à long terme. 
Un autre point de vue plutôt sympathique et optimiste de cette faculté d'hyper adaptation des bactéries montre l'éventuel rôle que les bactéries pourront jouer dans la dépollution de la planète - elles s'adaptent et métabolisent les métaux lourds, les insecticides, les herbicides, les matières organiques pétrole etc … les solvants…). 
Ces phénomènes mettant en jeu des micro organismes sont peu connus du grand public, par contre lui sont connu les résultats, en particulier en milieu hospitalier : les infections nosocomiales, et, cherchant un coupable, une explication, c'est le plus souvent le corps médical ( négligence) ou le manque de moyen qui seront mis en cause. Plutôt que de se rendre compte des limites, des fausses pistes de la science, qui en l'occurrence se manifeste comme des retours en arrière, il est plus simple, plus satisfaisant pour l'esprit, d'accuser un corps professionnel ou quelques individus. Plutôt la malveillance que la remise en cause de la toute puissance ! 

Tout d'abord une question à 100 points : Quelles sont les particularités des bactéries ? 
Chaque bactérie n'est composée que d'une cellule dans laquelle baigne librement un chromosome, il n'y a donc pas de noyau individualisé, pour cette raison on les appelle procaryote . 
Ce sont les premiers êtres vivants apparus sur terre il y a 3,5 milliards d'années.
2,5 milliards d'années plus tard naissent les eucaryotes, ils sont aussi constitués d'une cellule mais un noyau s'est individualisé contenant le matériel génétique. 
Quelques millions d'années encore et la nature invente les êtres multicellulaires, probablement des colonies de bactéries à l'origine dont la symbiose s'est pérennisée. 

Les bactéries ont l'habitude d'échanger facilement leurs gènes. On nomme " transfert génique latéral " , ou transfert horizontal , le moyen, utilisé surtout par les êtres unicellulaires et dont la reproduction n'est pas sexuée, de diversifier leur génome, d'évoluer. La reproduction sexuée par le mélange de matériel génétique des parents crée un être génétiquement nouveau et unique .
La reproduction des bactéries est une duplication à l'identique. Aussi doivent elles trouver les moyens de diversifier leur génome, le transfert horizontal est un de ces moyens : des gènes - un bout de chromosome - passent d'une bactérie à l'autre, créant des êtres nouveaux. 
On a donc deux modes de diversification du génome. 
On soupçonne le transfert latéral d'exister aussi entre bactéries et êtres pluricellulaires. En particulier entre bactéries et humains. 
Lors du séquençage du génome humain on a trouvé des zones identiques - de l'ADN - chez la bactérie et chez l'homme, 
Ce qu'on savait déjà, mais une partie de ces séquences communes ne sont pas retrouvées dans le génome d'eucaryotes non vertébrés, lesquels sont intermédiaires du point de vue de l'évolution, entre les bactéries et les êtres pluricellulaires. 
L'hypothèse a été faite d'infections bactériennes ayant entraîné un transfert de quelques gènes de bactéries vers l'hôte infesté. Ce transfert aurait atteint les cellules germinales ( ovules et spermatozoïdes), pérennisant la modification génétique en la transmettant aux descendants.

Combien de gènes nous viennent ainsi des bactéries par transfert latéral ?
La réponse n'est pas définitive, en effet on a comparé les gènes communs à l'homme et à la bactérie d'une part et au génome de cinq organismes eucaryotes non vertébrés d'autre part. On a trouvé 41 gènes communs aux bactéries et à l'homme, mais absents du génome d'eucaryotes. 
Ce n'est pas beaucoup, et ce chiffre risque de diminuer encore. On a comparé à cinq organismes procaryotes non vertébrés ( levure, parasite, mouche drosophile, ver, herbe moutarde) et à cinq seulement pour la simple raison que l'on n'en a séquencé guère plus… Il faut donc attendre que soit fini le séquencage d'autres eucaryotes non vertébrés qui peut être présenteront plus de gènes commun avec la bactérie et avec l'homme. 
Une autre hypothèse est d'imaginer que nombre de ces procaryotes ont perdu ces gènes au fur et à mesure de l'évolution. 
Le transfert génique latéral est de toute façon plus facile entre êtres unicellulaires que les échanges faisant intervenir des êtres plus complexes pluri cellulaires.

Donc les bactéries échangent entre elles du matériel génétique, sans doute avec l'homme aussi. Il a également été prouvé ( Laboratoire d'écologie microbienne, CNRS, Lyon, P.Simonet ,août 2000) que de l'ADN libre, hors d'une cellule et d'un noyau, se trouve dans le sol venant de bactéries ou de cellules végétales mortes. Des morceaux de cet ADN peuvent être intégrés dans la cellule bactérienne. 
Ainsi les bactéries seraient des échangeurs de gènes sur un carrefour qui joint le règne végétal et animal. Les transgènes - des OGM - seraient particulièrement mobiles. .